Различие между философией и наукой проявляется не только в предметной сфере, но также и в методах исследования религии. Философия не проводит эмпирического исследования действительности. Она в большей мере решает свои проблемы умозрительно, руководствуясь определенными установками, которые развиваются на основе цепи логических размышлений. Наука же в своих исследованиях религии опирается на эмпирический материал, фактические данные, полученные на основе непосредственных исследований, мировоззренческих представлений тех или иных народов, их верований, обычаев, организации жизни и т.д.
В научном религиоведении с самого начала его формирования широко применяется исторический метод, предполагающий изучение религиозных систем в процессе их возникновения, становления и развития, а также учет взаимодействия в этом процессе как общих закономерностей истории, так и своеобразных конкретных обстоятельств. Исторический метод может быть реализован в виде генетического подхода, когда исследователь выводит все последующие стадии из начальной фазы. В ходе этой процедуры важное значение имеет отыскание всех промежуточных стадий в цепи эволюции религии. Активно используется в религиоведении и сравнительно-историческое исследование. В ходе этого исследования осуществляется сопоставление различных этапов развития одной и той же религии в различные моменты времени, разных религий, существующих одновременно, но находящихся на разных этапах развития, проводится реконструкция тенденций развития.
Большое влияние на формирование научного религиоведения оказало использование методов антропологии и этнографии Э.Тейлором, Дж.Фрезером, Б.Малиновским, Л.Леви-Брюлем и др. Этот метод активно используют также социологи Э.Дюркгейм и М.Вебер, психоаналитики З.Фрейд и К.Юнг и др.
Социология религии является составной частью науки об обществе - социологии. Социология как самостоятельная наука формируется, начиная с середины XIX века, в течении длительного времени. Социологическое знание накапливалось в недрах философии. Вычленение социологии из недр философии связано именно с тем, что “отцы - основатели” социологии О.Конт, М.Вебер, Э.Дрюкгейм поставили перед собой задачу решения общественных проблем, в том числе и проблему религии, на основе использования научных методов познания действительности. Основатель социологии французский мыслитель О.Конт (1798-1857), решая вопрос о том, что лежит в основе социального порядка, неизбежно столкнулся с проблемой роли религии в обществе. Отвечая на вопрос, О.Конт сформулировал закон о трех последовательных стадиях развития человечества: теологической, метафизической и научной. Согласно О.Конту, на первой, теологической стадии, человек объясняет все явления на основе религиозных представлений, оперирует понятием сверхъестественного. Вера в богов или единого Бога обусловливает стабильность общественной системы. Этой стадии соответствует длительный период истории, вершиной которого является Средневековье.
На второй, метафизической стадии, человек пробует отказаться от апелляции к сверхъестественному и пытается все объяснить при помощи абстрактных сущностей и причин. Ярким примером такого периода является эпоха Просвещения. Задача этой стадии - критическая. Разрушая религиозный представления, она подготавливает приход третьей стадии - позитивной или научной. Конт считал неизбежным конфликт между религией и позитивным знанием - наукой и предсказывал в недалёком будущем победу науки над религией. Наука, по мнению Конта, призвана заменить религию не только с точки зрения формирования нового мировоззрения, но прежде всего в качестве связующей силы, призванной объединить людей и социальные институты, стать основой стабильного порядка. Установлению солидарности и согласия между людьми, считал Конт, призвана новая синтетическая наука - социология.
Рассмотрение проблем религии О.Контом осуществляется в контексте решения им общих социологических проблем. Непосредственно научным исследованием религии с социологических позиций занимались немецкие мыслители М.Вебер (1864-1920) и французский мыслитель Э.Дюркгейм (1858-1917). Именно они являются основоположниками социологии религии как относительно самостоятельной отрасли знания в рамках религиоведении.
